Статья посвящена анализу развития филогенетики – области биологической систематики, которая занимается идентификацией и прояснением эволюционных взаимоотношений между видами, как ныне живущими, так и вымершими. Цель статьи – выделить и охарактеризовать ключевые этапы становления и развития филогенетической систематики. В статье представлена краткая характеристика основных периодов формирования филогенетики, начиная с эпохи Древнего мира и заканчивая Новейшим временем, от элементарного описания видов до изучения нуклеотидных последовательностей макромолекулярных структур. Дан обзор древних трудов и манускриптов, послуживших идейно-историческими предпосылками становления и дальнейшего развития филогенетической систематики. Представлены ключевые деятели философии и науки различных эпох, чьи труды послужили базисом для формирования данного направления. Показано влияние иерархической системы соподчиненных таксонов К. Линнея и идеи «Лестницы природы» Г. Лейбница на процессы становления филогенетических идей, влияние эволюционного учения Ч. Дарвина на развитие филогенетической систематики, а также взаимосвязь ее составляющих с палеонтологическими, сравнительно-анатомическими и сравнительно-эмбриологическими исследованиями. Авторами отмечаются основные причины взлета и падения интереса к проблемам филогенетики. Дан обзор основных методов и принципов современной филогении, характеристика ее «идеологического ядра», а также места молекулярно-генетических и количественных методов в филогенетических исследованиях.