Тормозят запросы к mysql

Есть выделенный сервер на Centos на нем связка Apache 2.2.15(статику отдает nginx 1.4.1) + Mysql + php 5.3.3.
Сайт подтормаживает, предположительно из за скорости обработки запросов mysql.
Нужно замерить скорость обработки запроса и приблизить её к минимальной.
Потому что переодически тупит. Не можем понять в чем проблема. С ростом функционала...