Программа для отправки и удаления файлов.

Программа вызывается из планировщика.
Создает HTTP запрос на удаленный сервер php-файлу. (PHP формирует список файлов и контрольных сумм - он есть)
Ожидает некоторое время.
Скачивает файл с контрольками.
Сканирует локальную папку.
Перебирает и либо отправляет недостающие файлы на сервер, либо удаляет.
После этого автоматом убивается до следующего вызова.
Выполняться будет...