Помочь в настройке MySQL на сервере с Vesta CP (ОС Debian)

Установил на сервер Весту (Vesta CP) для управления сайтами, но возникли проблемы с Базой данных. При запросах к базе более 1 минуты соединение рвётся и выдаётся ошибка 500! Внёс правки по лимитам времени и загружаемых файлов в конфигурацию РНР - результат нулевой.

Открыл MySQL и увидел там целый список предупреждений...