Оптимизация кода php, js и запросов к базе данных

В последнее время сайт часто падает или долго загружается. Служба поддержки хостинга говорит следующее:

Видим что нагрузка на сервер есть, но не доходит к предельным значениям.
Мы провели анализ запросов и видим что запросто на сервер действительно много.
Долгих запросов к базе данных нет.
Оперативной памяти, дискового пространства, а также...